osmanlı ilmiye geleneği içinde, 15. yüzyılda resmi olarak zındıklık ve mülhidlik ile suçlanıp idam edilen ilk şahsiyettir.

bir ders sırasında "kuru kıyam ve inhinadır, andan fayide yoktur" dediği iddia edilmiştir. o dönemde halk zındık olduğuna inanmamıştır, o kadardır ki celladın darbesiyle düşen başının, sürekli olarak kelimeyi şehadet getirdiği rivayet edilmiştir.
ali kuşçu'nun yetiştirdiği matematik dışında mantık ve kelam üzerine de çalışmaları bulunan ünlü bilim adamıdır.
'taz'if'ül mezbah' en önemli eseridir.
Devrindeki önemli alimlerden biri. Aslen din adamı olan molla lütfi, Ali Kuşçudan matematik dersleri almış, bazı matematik problemleri ile uğraşmıştır.
Döneminde camilerde yaptığı ateşli vaazlar halk tarafından çok sevilirmiş, eleştirmediği ulema kalmamış. böyle olunca da düşmanları gittikçe çoğalır, Kin, Haset, Öfke Dönemin kudretli alimlerini yanlış yola sevk etmiş, ve Molla lütfi'ye iftira atmışlardır.
--Namaz hakkında ''kuru kıyam ve inhinadır, andan fayide yoktur'' sözünü cımbızlayarak ''zındık'' demişlerdir. bazı alimlerin karşı çıkmasına karşın çoğunluk kararıla idam edilmiştir. daha sonra kendisi iftira sonucu öldürüldüğü için şehittir denmiştir.
dili kullanmanın bir usülü bir metodu var. konuşurken doğruyu söylemek illaki yürek ister. lakin yürek yetmez o bazı doğruları söylemeye. güç kuvvet lazım. kemal gerek. kamil mürşid olmak lazım gerek. yoksa insanı perişan eder bu avam halk. zira;

insan evladı çiğ süt emmiştir. hakkı kabul etmek her babayiğidin harcı değildir. insanlar doğru söyleyenleri sevmez. söylenen söz nefse ağır gelir. avam tabakasındaki halkın nefsi emmarede dir. kıvırtır insan. kabul etmeğe yanaşmaz bile.

işte bu yüzden ehil ve erbabı olmayanın doğru söz bile olsa her sözü her yerde söylemesi doğru değildir.

-------------
bu konuda bir hikaye vardır rivayet odur ki anlatılır. bir zaman bir dergahta bir derviş varmış. bir gün şeyh efendiye şöyle der; efendim ben artık olgunlaştım, şehre inip halka vazü nasihat edeceğim. evladım sen yetişmedin henüz erken gitme der. dinlemez şehre iner bir camiye girer bakar ki bir hoca halka yanlış namaz kıldırıyor, namaz biter döner cemaate derki;
ey ahali, bu hoca varya -ee size yanlış namaz kıldırıyor. kıraati de eksik üstelik. cemaatta pek bi severmiş bu cahil hocayı. seni edepsiz utanmaz arlanmaz deyip dervişi döverler, yaka paça dışarı atarlar.

dergaha geri dönen dervişin boynu bükük mahcuptur. şeyh efendi karşılar derki oğlum, evladım ben sana gitme henüz olgunlaşmadın demedim mi ? özür diler yetişene kadar dergahta kalır.

gün gelir izin verilir destur verilir, çıkar şehre gelir yine aynı camiye gelir bakar görür ki aynı hoca aynı şekilde yanlış namaz kıldırmakta ve yalan yanlış vaaz etmektedir. ders biter bu sefer bizim derviş ayağa kalkar derki; ey muhterem cemaat, bu hocanızın kıymetini bilin zira kendisi çok muhterem ve mübarek bir insandır, öyleki cennet ehlidir. hatta bu hoca efendinin saçından sakalından bir tutam alan dahi cennetliktir der çekilir kenara. seyreder manzarayı. bu sözleri duyan cemaat hocaya hücum ederler saçını sakalını yolarlar hocayı kel tavuğa çevirirler.

-------------