1953 yılında Malatya'da doğdu. ilköğrenimden sonra, orta öğrenimini Malatya Atatürk Lisesi'nde 1974-1975 öğretim yılında tamamladı. 1975-1976 öğretim yılında istanbul Üniversitesi Edebiyat Fakültesi Tarih Bölümü'nde başladığı yüksek öğrenimini,Yakınçağ Tarihi esas sertifikası ile, Doğu Dilleri'nde Arap -Fars dilleri ve edebiyatları, Felsefe Bölümü'nde Türk - islam Düşüncesi Tarihi sertifikalarını da alarak 1980 yılında ikmal etti.

1979 Ekimi'nde Başbakanlık Osmanlı Arşivi'nde memur olarak çalışmaya başladı. 1984-1985 akademik yılında Ankara'da Devlet Memurları Yabancı Diller Eğitim Merkezi'ne devam ederek ingilizce'den iyi derece ile sertifika aldı.

1987'de "Türk Arşivleri'nin Dünya Arşivleri Arasındaki Yeri ve Önemi" adlı tez ile Başbakanlık Uzmanı unvanını aldı. Başbakanlık Osmanlı Arşivinde uzman ve yönetici sıfatıyla 13 yıl çalıştı.

Arşivdeki memuriyeti ile beraber, Edebiyat Fakültesi Yakınçağ Tarihi Anabilim Dalı'nda Prof. Dr. Nejat Göyünç'ün yönetiminde başladığı doktora çalışmalarını, merhum hocanın istanbul Üniversitesi'nden ayrılmasıyla, Prof. Dr. Bekir Kütükoğlu'nun nezdinde Câbî Tarihi'nin ilmî edisyonu ile sürdürdü. Hocanın 28 Haziran 1990 tarihinde vefatıyla yarım kalan çalışmasını Prof. Dr. Kemal Beydilli'nin maiyetinde tamamlayarak 30 Temmuz 1992 tarihinde doktor unvanını aldı.

22 Temmuz 1992 tarihinde Edebiyat Fakültesi Tarih Bölümü Yakınçağ Tarihi Anabilim Dalı'na Araştırma Görevlisi olarak intisap etti. 14 Aralık 1995 tarihine kadar Arş. Gör. Dr. , 14 Aralık 1995 tarihinden beri Yrd. Doç. Dr. unvanıyla anılan anabilim dalında görev yapmakta olup, 20 Mayıs 2002 tarihinde Doçent unvanını aldı. Osmanlıca, Yakınçağ Osmanlı Tarihi Metinleri ve Yakınçağ Osmanlı Tarihi Kaynakları üzerine dersler vermektedir.
Şubat 2009 da ise Profesör olmuştur.

Mehmet Ali Beyhan Yakınçağ Osmanlı Tarihi kaynakları üzerinde çalışmaktadır. Neşre hazırlamış olduğu III. Selim ve II. Mahmut dönemlerine ait Câbî Tarihi, Türk Tarih Kurumu tarafından 2003 yılında yayınlanmıştır. Ayrıca Yeniçeri Ocağının ilgasını anlatan Gülzâr-ı Fütûhât, 2001 senesinde istanbulda yayınlanmıştır. Dr. Beyhan III. Selim, IV. Mustafa ve II. Mahmud&un ilk dönemlerine ait bir ruznameyi Saray Günlüğü ismiyle neşre hazırlanmıştır. Fakat çalışma hakettiği değeri görmemiştir.

Kaynak metinlerin dışında, Dr. Beyhan'ın yine yakın dönem Osmanlı Tarihine dair muhtelif dergilerde makaleleri neşr edilmiştir.

Dinlenildiğinde çok şey öğrenilebilecek, kaynak ve sözlük bilgisi şahane adı duyulmamasına rağmen çok birikimli bir hocamızdır. O kadar paşayı aklında nasıl tuttuğuna da akıl sır ermez.